柯南在街头目睹一名正打电话的警察在雨中被射杀，忙将凶手追踪，但凶手逃脱。死者闭眼一刻紧抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南从目暮警官口中了解到紧抓左胸是暗示那里有警察手册。不久又有警察手拿警察手册被人射杀于地下车库。对于这两起案件，目暮警官等人一反常态不愿向毛利小五郎及柯南透露太多信息。毛利不甘心进一步追问，白鸟警官只答一句“Need not to know”。该话是警察之间所用的密语，意味这两起杀人事件与警察内部人士有关。
柯南、小兰等人参加白鸟妹妹的婚宴，电突然间停掉，那刻小兰正与女警佐藤在洗手间。小兰拿起身边的手电筒欲照明时，一颗子弹射进佐藤身体，小兰吓昏过去。次日小兰醒来，却因怪责自己害佐藤挨枪失去记忆。目暮见事态越来越严重，将秘密说出，原来死去的两名警察正与佐藤一起重查一桩有关医生仁野自杀的案件，该案涉及到警察局长的公子。将局长公子假定为嫌疑人之一时，柯南亦想到佐藤被射杀后宴会上少掉的两个人。
《名侦探柯南：瞳孔中的暗杀者》作为一部动漫电影，以其独特的叙事手法和深刻的情感描绘，为观众带来了一场别开生面的观影体验。
影片一开场，便以一起街头枪杀案紧紧抓住了观众的心。柯南在雨中目睹一名警察被射杀，并试图追踪凶手，但凶手却逃脱了。死者临终前紧抓左胸的动作，似乎隐藏着某种暗示。事后，柯南从目暮警官口中得知，这个动作是暗示那里有警察手册。不久，类似案件再次发生，一名警察手持警察手册在地下车库遇害。这两起案件引起了警视厅内部的高度关注，但警方却对毛利小五郎和柯南守口如瓶，白鸟警官甚至用“Need not to know”这一密语暗示案件与警察内部有关。
随着剧情的深入，柯南和小兰等人卷入了一场错综复杂的案件之中。在参加白鸟妹妹的婚宴时，突如其来的停电让小兰和佐藤刑警身处险境。当小兰拿起手电筒照明时，一颗子弹射向了佐藤，小兰因此受到巨大刺激而失忆。这一情节不仅增加了影片的紧张感，也让观众为小兰的命运担忧不已。
面对小兰的失忆，柯南展现出了前所未有的决心和勇气。他不仅要找出真相，还要保护小兰免受进一步的伤害。在追查案件的过程中，柯南孤身犯险，深入虎穴，最终揭示了隐藏在案件背后的真相。原来，这一切都与警察局长的公子有关，他为了掩盖自己的罪行，不惜杀害无辜的警察。
影片的结尾部分，柯南在游乐园的喷水池中成功唤醒了小兰的记忆。两人共同面对犯人，展现出了坚定的勇气。那一刻，不仅小兰找回了失去的记忆，也让观众感受到了爱情和友情的力量。
总的来说，《名侦探柯南：瞳孔中的暗杀者》是一部充满悬疑和感动的动漫电影。它不仅有精彩的推理和惊险的场景，还有深刻的情感描绘和人物塑造。